Maaperän ja puuston ravinnetilan kestävyyden kannalta hakkuutähteet on suositeltavaa korjata siten, että mahdollisimman suuri osa ravinteikkaista neulasista jää metsään. Oksat ja neulaset ovat puun ravinteikkaimpia osia, ja niiden jättämisellä turvataan uuden puusukupolven kasvua. Ravinteiden väheneminen voi aiheuttaa riskikohteilla, kuten boorin puutoksesta kärsivillä kasvupaikoilla, kasvuhäiriöitä. Hakkuualalle jätetty hakkuutähde ylläpitää myös maaperän hiilivarastoa ja hajotustoimintaa sekä elättää pieniläpimittaisella lahopuulla elävää lajistoa.
Hakkuutähteen kannattava korjuu edellyttää, että kuvion tai kuvioiden ainespuupoistuma on ollut vähintään 200 kiintokuutiometriä ja kohteen pinta-ala on vähintään kaksi hehtaaria. Lisäksi korjuun kustannuksiin vaikuttaa metsäkuljetusmatka.
Hakkuutähteen tiheys on ainespuuhun verrattuna alhainen, joten sitä ei kannata kuljettaa pitkiä matkoja tienvarsivarastolle. Irtonaisena hakkuutähdettä mahtuu yhteen metsäkuljetuskuormaan noin 8 kiintokuutiometriä ja paalattuna noin 11 kiintokuutiometriä. Mikäli hakkuutähde kuljetetaan irtonaisena, metsäkuljetusmatkan tulisi olla alle 300 metriä.
Hakkuutähteen korjuu helpottaa maanmuokkausta metsänuudistamisessa. Maanmuokkauksen laatu paranee ja työ nopeutuu. Viljelytyöt, erityisesti koneellinen istutus, helpottuvat. Hakkuutähteen korjuun on todettu myös edistävän taimien säilymistä elossa ja täystiheiden rauduskoivun- ja kuusentaimikoiden syntymistä.
Tuoretta hakkuutähdettä korjattaessa kasvupaikalta poistuu enemmän ravinteita kuin pelkässä ainespuun korjuussa. Tämä ravinnepoistuma voi vaikuttaa tulevan puusukupolven kasvuun etenkin kuusikoissa. Kasvutappiot voidaan välttää kuivattamalla hakkuutähde palstakasoilla ennen tienvarsivarastointia. Palstakasoissa hakkuutähde kuivuu ja neulaset varisevat suurimmaksi osaksi uudistusalalle. Palstakuivatus soveltuu hyvin kuusen neulasten varistamiseen. Männyn neulaset eivät varise yhtä helposti. Haketta käyttävät laitokset eivät yleensä ota vastaan tuoretta hakkuutähdettä, koska neulasten sisältämä kloori aiheuttaa korroosiota polttokattiloissa.
Kiintoainetta huuhtoutuu paljastuneesta kivennäismaasta eli ajourilta ja muokkausjäljestä. Hakkuutähteen korjuu lisää ajokertoja alalla. Kun suojaava kerros puuttuu, ajourapainumat saattavat syventyä ja maan tiivistyminen lisääntyy. Tiivistyminen hidastaa veden imeytymistä maahan. Kiintoainetta voi joutua virtaavan veden mukana ojiin ja vesistöihin. Ravinnehuuhtoumat vähenevät, kun puuston ja pintakasvillisuuden määrä ja siten ravinteiden otto kasvavat.
Hakkuutähteen korjuu vähentää oksista hakkuualalle syntyvän lahopuun määrää, ja ajo voi vaurioittaa järeäitä lahopuita. Järeä lahopuu on paljon tärkeämpää lajiston monimuotoisuudelle kuin pieniläpimittainen latvus- ja oksapuu.
Tuore hakkuutähde houkuttelee ympäristöstä vastakuolleessa puussa eläviä lajeja. Jos hakkuutähde korjataan vasta hyönteisten iskeytymisen jälkeen, niiden lisääntymisaikana, poistetaan samalla paikallisesti huomattava osa näiden lajien yksilöistä. Hakkuualalta poistuu sekä haitallisia tuhohyönteisiä että muita hyönteisiä.
Avohakkuulla sinänsä on suuri vaikutus kasvilajistoon, mihin verrattuna hakkuutähteiden poiston lisävaikutus on vähäinen.10) Energiapuun korjuun vaikutus luonnon monimuotoisuuteen, kuten uhanalaiseen kasvilajistoon, ei yleensä poikkea ainespuuhakkuista. Uhanalaisia kasvilajeja esiintyy yleisimmin metsälain 10 §:n määrittämissä, erityisen tärkeissä elinympäristöissä. Nämä elinympäristöt on rajattu kaiken korjuun ulkopuolelle, pois lukien varovaiset hoito- ja käyttötoimenpiteet, joissa elinympäristöjen ominaispiirteet säilytetään tai niitä vahvistetaan.
Hakkuutähteiden korjuun vaikutuksista turvemaiden ominaisuuksiin ja ravinnetaseisiin on niukasti tutkimustietoa, mutta vaikutuksia voidaan arvioida ravinnetasetarkastelujen perusteella. Ojitettujen turvemaiden puustojen kasvua rajoittaa yleensä fosforin, kaliumin ja boorin niukkuus.
Joillakin turvemaiden kasvupaikoilla voidaan jo ainespuun korjuussa poistaa merkittävä osa kaliumin ja boorin varastoista. Kaliumin niukkuus on yleistä erityisesti nevamaisten soiden ojitusalueilla. Hakkuutähteen ja kantojen korjuu lisäisi poistuvien ravinteiden määrää. Korjuu vähentäisi turvemaiden kalium- ja boorivarastojen lisäksi myös fosforivarastoja ja saattaisi vaikuttaa seuraavan puusukupolven kasvuun. Tämän vuoksi karujen turvemaiden uudistushakkuukohteet eivät ole suositeltavia energiapuun korjuukohteita, ellei kyse ole suon ennallistamisesta.
